L’importanza della Porta crebbe soprattutto a partire dal IV secolo, probabilmente per la vicinanza della sede episcopale del Laterano. Nella ricostruzione onoriana (inizi V secolo), Porta Asinaria venne monumentalizzata con la costruzione di due torri semicircolari che si affiancarono alle preesistenti torri quadrate, da allora riutilizzate come vani scala. Nel corso di questi lavori, inoltre, venne realizzata una controporta e un cortile di guardia. Come ben documentabile lungo tutto il percorso della cinta difensiva, anche Porta Asinaria venne in questo momento rialzata e l’altezza della costruzione venne quasi raddoppiata, passando da due a quattro piani nelle torri e a tre nella corte interna.
 I due piani inferiori delle torri semicircolari sono ciechi (e l’ambiente inferiore della torre orientale non è di fatto accessibile), mentre gli altri due piani sono forati ciascuno da cinque finestre arcuate. I piani sono marcati da due o tre filari di mattoni che sporgono dalla muratura. Le torri quadrangolari, che come detto risultano utilizzate come vani scala, presentano feritoie (torre occidentale) o feritoie e finestre (torre orientale). La Porta, che si apre nel corpo centrale, era ad un solo fornice rivestita di travertino e la fronte si sviluppava su tre piani, corrispondenti ai due camminamenti di ronda coperti e ad un corridoio scoperto merlato, oggi completamento scomparso. In corrispondenza dei camminamenti, poi, si aprivano delle finestre: cinque al primo piano e sei al secondo. In prossimità delle finestre del primo piano ad est del fornice sono ancora visibile le tracce dei merli originari della struttura aureliana, poi obliterati dai lavori di restauro successivi. Gli ambienti soprastanti la Porta erano utilizzati – oltre che come camminamenti – come camera di manovra per il funzionamento della saracinesca che chiudeva il fornice. Verso l’interno, invece si aprono una serie di finestre di varie grandezze, mentre le due grandi aperture arcuate che si aprono sulle torri semicircolari verso l’interno sono forse da collegare con lo scomparso camminamento di ronda scoperto.
 Attraverso Porta Asinaria entrarono in Roma Belisario (536) e Totila (546) durante la guerra greco-gotica ed Enrico IV (1084) durante la lotta che lo contrappose a papa Gregorio VII.
 Nel Medioevo la porta era nota anche come Porta Lateranensis, Porta S. Johannis Laterani o Porta de Laterano.
 Nel corso del Medioevo prima e del Rinascimento poi, la Porta subì una serie di adattamenti legati alle nuove tecniche di difesa: da notare le finestre del primo piano del corpo centrale ristrette per l’uso delle nuove armi da fuoco.
 A seguito del progressivo innalzamento del livello del suolo circostante, la porta venne abbandonata e chiusa nel 1574 e sostituita dalla vicina Porta S. Giovanni che venne inaugurata l’anno seguente in occasione del Giubileo. Prima del completo abbandono, il fornice della Porta venne completamente spogliato del rivestimento in travertino e delle soglie.
 Alla fine degli anni Cinquanta del Novecento, si effettuarono degli importanti lavori di restauro che permisero il recupero della struttura: la Porta venne allora completamente liberata dall’interro che l’aveva parzialmente sepolta, venne realizzata una nuova decorazione in travertino del fornice (in sostituzione di quella asportata nel XVI secolo) e si rimise in luce la controporta, nota fino ad allora soltanto dalla documentazione grafica precedente al 1574.

Tra il 2004 e il 2006, infine, è stato eseguito un intervento di restauro, pulizia e consolidamento delle cortine murarie esterne dell’intera struttura monumentale.