I lavori iniziarono con la realizzazione delle prime sei sale del Magazzino Archeologico destinate a ospitare principalmente materiale scultoreo ed epigrafico. Le sale vennero inaugurate nel 1889 e aperte agli studiosi e parzialmente al pubblico, dopodiché il progetto si interruppe fino ai primi anni del ‘900, quando la Commissione Archeologica decise di ampliare l’Antiquarium per far fronte al continuo aumento di reperti trasportati all’interno. Nel 1906 venne così inaugurata una settima sala, cui seguì una nuova interruzione dei lavori.

Nel 1925, con la costituzione del Museo Mussolini, si decise di nuovo di ampliare l'inadeguato Magazzino Archeologico, affidando il progetto all’architetto Antonio Muñoz. Questa decisione tenne conto anche dell'acquisizione di nuovi settori espositivi nel Palazzo dei Conservatori, dove vennero trasferite le maggiori opere di scultura provenienti dall'Antiquarium. L'allestimento delle collezioni venne riorganizzato, riunendo i reperti in base al tipo di materiale, mantenendo intatti solo i contesti delle antichissime necropoli e i depositi votivi. Questo processo comportò la conversione dell'Antiquarium in un Museo delle arti minori. I lavori di ristrutturazione e ampliamento furono completati nel 1929.

Nel 1938 Muñoz, considerando l’afflusso continuo di manufatti archeologici, decise di aggiungere tre nuovi ambienti sovrapposti sul lato orientale dell’edificio, dove in precedenza si trovava la terrazza sopraelevata.

L’ampliamento fu completato nei primi mesi del 1939, ma pochi mesi dopo, i lavori per la costruzione della vicina galleria della metropolitana provocarono significativi problemi strutturali, portando il 5 dicembre dello stesso anno a una chiusura che si sarebbe rivelata definitiva. Da allora sono state prospettate varie ipotesi per recuperare l’edificio ma nessuna di queste è mai stata attuata concretamente.

Il progetto di recupero nell’ambito del PNRR

Nell’ambito del programma PNRR – Caput Mundi, è stato previsto un intervento di recupero dell’Antiquarium con l’obiettivo di ripristinarne la funzione originaria e ricucire e connettere nuovamente il monumento al tessuto della città. Situato in una posizione strategica tra il Colosseo, il Palatino e il Circo Massimo, l'Antiquarium funge da cerniera tra questi siti storici, agevolando il flusso dei visitatori e offrendo loro ulteriori opportunità per comprendere meglio il contesto di questi luoghi straordinari. In questo modo, il recupero dell'Antiquarium non solo valorizza il patrimonio culturale esistente, ma contribuisce anche a creare un percorso narrativo che collega alcuni dei più importanti siti archeologici di Roma.

Il progetto si propone di operare un risanamento statico conservativo della struttura, preservandone al contempo l’autenticità e la riconoscibilità, con l’impiego di materiali quali vetro e acciaio, nel rispetto di tutti gli elementi di pregio storico culturali presenti.

Il piano terra è caratterizzato dalla presenza di sei sale espositive, quella centrale la più ampia, chiusa con una vetrata a tutta altezza scandita da paraste, come nel disegno originario. Il primo piano è invece stato ricostruito in alcune aree destinate ad uffici e altri spazi.