Successivamente fu restaurato e parzialmente ricostruito nel 203 da Settimio Severo dopo le distruzioni dovute a un incendio del 191. A questo periodo appartengono per la maggior parte i resti attualmente visibili. Era un quadriportico di m. 119 x 132, a una navata sulla fronte, a due sui fianchi, che includeva i templi di Giunone Regina e Giove Statore, due biblioteche, greca e latina, e un grande ambiente per pubbliche riunioni, la Curia Octaviae.

Il suo interno si configurava come una sorta di museo all’aperto poiché ospitava una grande quantità di opere d’arte, tra cui spiccava la turma Alexandri, un gruppo di  bronzo che raffigurava Alessandro Magno e i suoi cavalieri, opera di Lisippo.

Oggi rimane l'angolo sudorientale e il grande propileo di accesso, il vestibolo, posto sul lato corto meridionale verso il Circo Flaminio.

Si tratta di un ingresso monumentale con prospetto su quattro colonne di ordine corinzio tra pilastri. L'architrave riporta l'epigrafe dedicatoria del 203, il frontone è senza decorazioni. L’angolo orientale del propileo appare scalpellato: costituiva, infatti, a partire dal 1555, uno degli angoli esterni dello spazio del Claustro degli ebrei. I muri laterali erano in laterizio, rivestiti in marmo, provvisti di aperture in corrispondenza delle ali del portico. Queste ultime erano costituite da un colonnato e chiuse verso l’interno da una parete in laterizio.

In età tardoantica e medievale gli spazi porticati del monumento vengono utilizzati per la vendita del pesce, caratterizzando questa zona come la Pescheria, il principale mercato cittadino per la vendita del pesce che rimarrà attivo fino alla fine dell’800. Nell’ultimo quarto dell’VIII secolo sulle strutture del portico e dei monumenti adiacenti si ricavano gli ambienti della diaconia di S. Angelo in Pescheria, che inglobano una delle colonne posteriori e parte del timpano, ancora visibile all’interno della chiesa.

A partire dalla fine dell’VIII e fino al XII-XIII secolo il settore prospiciente la chiesa risulta occupato da un’area cimiteriale con decine di sepolture a diversi livelli. Successivamente, in seguito anche a importanti rifacimenti della chiesa della fine del ‘200, le due colonne frontali orientali della facciata del propileo, probabilmente gravemente lesionate, furono asportate e sostituite con un grande arco in mattoni, affrescato e tutt’ora visibile, che introduceva all’ingresso della chiesa.