Il restauro mise il luce strutture di età romana conservate per quattro piani di altezza, due nel sottosuolo e due al di sopra, restaurate e sopraelevate sin quasi alla situazione attuale già nel medioevo.

Il complesso archeologico, che venne scoperto e restaurato per la prima volta in tale occasione, è attualmente visitabile al primo e al secondo livello sotto il piano odierno di calpestio del cinquecentesco Palazzo Specchi, occupato al primo piano dalla Biblioteca Centrale per Ragazzi e nei piani superiori da abitazioni private.
Gli ambienti romani e medievali, databili tra la fine del I e il XIII secolo d.C., prospettano oggi sull’attuale via di S. Paolo alla Regola, percorso che ricalca l'antico tracciato stradale che fin dall'età repubblicana collegava il Circo Flaminio con la pianura del Campo Marzio.
L'urbanizzazione di questa porzione meridionale della piana si dovette all'intensa attività edilizia di Augusto: in particolare, fu Agrippa, genero dell’imperatore, a far costruire nella zona limitrofa agli edifici di S. Paolo alla Regola il ponte oggi Ponte Sisto che, attraverso le odierne vie dei Pettinari e Arco del Monte, metteva in comunicazione il Trastevere con il vicino Teatro di Pompeo. Nell’area venne così delineandosi un reticolo di strade parallele e ortogonali al Tevere tutt’oggi percepibili perché ricalcate, rispettivamente, dalle moderne via delle Zoccolette e via di S. Paolo alla Regola (in direzione sud-est/nord- ovest) e da via del Conservatorio e via dei Pettinari (in direzione sud-ovest/nord- est).
All'epoca di Domiziano l’intera zona era occupata dagli Horrea Vespasiani, un vasto complesso di magazzini disposti a rastrelliera su strade e vicoli paralleli al fiume che si estendeva tra via dei Pettinari e via Arenula.
In età severiana il quartiere fu oggetto di una radicale trasformazione: in particolare, negli edifici sotto Palazzo Specchi, accanto e al di sopra dei magazzini domizianei, furono edificati ambienti adibiti a uffici, ad abitazioni, corti e stanze di rappresentanza abbelliti da ricche decorazioni dipinte e musive, che raggiungevano non meno di quattro piani in altezza e che furono successivamente distrutti da un violento incendio sul finire del III secolo d.C.
Con la ristrutturazione di età costantiniana venne interrato il piano inferiore dell’isolato e le cortine murarie vennero poderosamente consolidate. Dopo un lungo periodo di utilizzo, tuttavia, gli ambienti furono abbandonati progressivamente e il livello del suolo, tra crolli e depositi alluvionali, raggiunse all'incirca la quota attuale.
Nell'XI e nel XII secolo, a seguito di una nuova intensa attività edilizia, gli ambienti romani vennero consolidati fino alle fondamenta e sopraelevati.
In questo periodo, una casa a torre in laterizio con sopraelevazione a tufelli venne costruita a cavaliere dell’antico vicolo parallelo al fiume che separava tra loro i blocchi edilizi domizianei, mentre tra il XII e il XIII secolo tutta la zona fu occupata da costruzioni intensive con case di forma stretta ed allungata che saturarono gli spazi disponibili e costituirono la base per lo sviluppo del successivo palazzetto rinascimentale.
Attraverso l’androne moderno di Palazzo Specchi si ha oggi accesso alle strutture antiche, articolate in una complessa successione di ambienti e sale che si distribuiscono su più livelli.
Al secondo piano del sottosuolo, a circa 8 m. di profondità dalla quota attuale della strada, si trovano i due grandi magazzini costruiti all’epoca di Domiziano in struttura laterizia e con ampie volte a botte di copertura, affacciati in antico su un vicolo cieco parallelo al Tevere.
Il livello intermedio, detto "della colonna" per la presenza di una colonna in laterizio di epoca costantiniana, era in origine un cortile lastricato di pietre calcaree, posto a monte dei magazzini domizianei. In età severiana, in affaccio sul medesimo cortile, furono eretti altri due magazzini di dimensioni inferiori, oggi visitabili al primo piano del sottosuolo. Tutto l’ambiente “della colonna” fu radicalmente ristrutturato in età costantiniana a seguito di un grande incendio: fu allora interrato il piano terra dell'edificio e le murature domizianee e severiane vennero rifoderate fino a triplicarne lo spessore.
Al primo piano del sottosuolo si osserva lo sviluppo dei magazzini di età severiana che si articolavano attorno ad un altro ampio cortile, oggi tramezzato dai muraglioni sui quali si impostano le volte cinquecentesche del soprastante palazzo, ma in origine dotato di rivestimento pittorico policromo a imitazione della più pregiata decorazione in marmi colorati (cosiddetta “stanza della pittura”).

I restanti due ambienti al primo livello sotto il suolo sono pavimentati a mosaico con tessere bianche e nere di età severiana e costituiscono il piano superiore degli originari magazzini affacciati sul vicolo. Qui, verosimilmente, dovevano trovare spazio attività polifunzionali legate all’amministrazione dei sottostanti locali.