Dopo l'attacco dei Saraceni e il saccheggio della basilica di San Pietro nell’846, Papa Leone IV  avviò nell'848 la costruzione delle mura da lui dette Leonine, per proteggere da futuri attacchi il territorio vaticano che, non essendo ancora urbanizzato, era stato lasciato all’esterno della cinta muraria di Aureliano e Onorio. Il lavoro fu completato in soli quattro anni e il 27 giugno dell’852, il Pontefice, presenti le più alte gerarchie cittadine ed ecclesiastiche, inaugurò il nuovo tratto di fortificazioni della città, percorrendo l'intero circuito a piedi scalzi, fermandosi a benedire ogni porta e a implorare la protezione divina. Da quel momento l’abitato circondato dalle nuove fortificazioni fu considerato come una città separata, la «Civitas Leonina», con magistrati e governatore propri.

La fortificazione, estesa per una lunghezza di circa 3 chilometri, includeva il mausoleo di Adriano (già trasformato in baluardo difensivo nel VI secolo e denominato Castel Sant’Angelo), risaliva la sommità della collina vaticana per ridiscendere sul versante sud raggiungendo nuovamente il fiume. Il muro, in cortina laterizia, era originariamente pieno e spesso 4 metri ca. alla base, con un'altezza di 6 metri ca. e presentava alla sommità un cammino di ronda difeso da merlature; lungo il circuito, dotato di torri rettangolari coperte ad intervalli regolari, si aprivano varie porte. Nel tempo le mura leonine furono trasformate e rafforzate per motivi di sicurezza, con la costruzione di nuove torri nei punti più esposti, il restauro dei tratti danneggiati e il potenziamento del baluardo di Castel sant’Angelo.

Dal XVI secolo, la minaccia dell’invasione turca e il saccheggio della città da parte delle truppe di Carlo V (1527), imposero ai pontefici di concentrare nuove risorse per la difesa di Roma, prevedendo ingenti interventi di restauro alle vecchie mura aureliane e un adeguamento dell’intera cinta alle nuove tecniche belliche. Antonio da Sangallo il Giovane (1483-1546) progettò un innovativo rafforzamento del circuito con diciotto bastioni a intervalli regolari lungo le mura aureliane e altri cinque, mai completati, per la difesa del borgo Vaticano.

Il progetto di Sangallo, che prevedeva un notevole ampliamento delle strutture di difesa tra S. Pietro e il Vaticano fu avviato solo venti anni dopo la sua morte da papa Pio IV insieme ad una sistemazione urbanistica del borgo e completato dal successore Pio V (1566-1572). Nel 1586, sotto papa Sisto IV, l'abitato cresciuto tra il colle Vaticano e Castel Sant'Angelo entrò a far parte della città di Roma come Rione XIV Borgo.

Dopo l'unità d'Italia (1870) ampi tratti delle mura Leonine e delle mura di Borgo furono demoliti, come pure alcune porte. Rimangono tuttora visibili, sia pure trasformate nel loro aspetto, porta San Pellegrino, porta Pertusa, porta Cavalleggeri, porta Santo Spirito.