Girolamo Rainaldi (1570-1655), autore del progetto, le realizzò riutilizzando due monumentali vasche di età romana in granito egizio provenienti dalle Terme di Caracalla. Le vasche vennero entrambe sistemate, ad uso ornamentale, nella piazza voluta da Alessandro Farnese (poi papa Paolo III, 1534-1549). A metà del XVI secolo la prima delle due fu sistemata al centro della piazza, ma nel 1568 venne spostata sulla destra per far posto alla seconda che, richiesta dal cardinal Alessandro Farnese tra il 1577 e il 1580, venne collocata nella posizione attuale tra la fine del XVI secolo e l’inizio del XVII. La trasformazione delle vasche in fontane poté avviarsi solo nel 1612 in seguito all’adduzione dell’Acqua Paola fino al rione di Trastevere, voluta da Paolo V (1605-1623). Nel 1621 papa Gregorio XVI (1621-1623) regalava ai Farnese una grande quantità d’acqua, 40 once, che permise al Cardinal Odoardo di completare il progetto di trasformazione. Le fontane furono inaugurate il 23 settembre 1626. Nel Settecento passarono all’Azienda Farnesiana creata dai Borboni di Napoli, discendenti dei Farnese, per divenire proprietà del Comune di Roma solo dopo il 1930. Nel 1938-39 la fontana a sud-est subì un intervento di restauro che comportò la sostituzione integrale del giglio, del balaustro e del labbro del bacino inferiore. Nuovi interventi vennero eseguiti negli anni Settanta. Nel 1992-93 venne realizzato un restauro completo e poi nuovamente nel 2007 e 2024.

Le fontane presentano un basamento a gradino su cui è poggiato un bacino mistilineo, al centro del quale è collocata una vasca ovale di granito egizio, ornata sui lati lunghi da una protome leonina centrale e, ai lati sotto il labbro, da due maniglioni. Al centro della vasca, su piede circolare, si eleva un balaustro in travertino, decorato con scudi, nastri e mascheroni, che sorregge una tazzetta dello stesso materiale, quadrilobata e baccellata. Sulla sommità si erge un giglio farnesiano marmoreo, dal quale zampilla un getto d'acqua saliente.